历史上的神策军是唐朝中后期中央北衙禁军的主力。它原本是西北的一支戍边军队，在唐玄宗时期由哥舒翰创建。后来由于哥舒翰在潼关战败，唐肃宗为了收复长安和洛阳，下令将陇右的军队调回内地，于是刚刚诞生的神策军便进入了内地。
乾元二年，神策军兵马使卫伯玉指挥神策军，在礓子阪大败李归仁率领的五千叛军。上元二年，卫伯玉又一次以少胜多，指挥神策军在同一个地点战败了史思明的儿子史朝义。神策军的这两次胜利削弱了叛军对关中的威胁，卫伯玉成为了神策军的节度使。
安史之乱刚结束，吐蕃趁机攻陷陇右地区，唐代宗逃到陕州避难，宦官鱼朝恩领导神策军护驾，这次行动让神策军的地位大幅提升，成为了朝廷的禁军。唐代宗也开始有意识地削弱外系藩镇，大力培植嫡系的神策军，开始有规划、大规模的扩编，这时期的神策军内护皇权，外镇关中。
唐德宗期间对河朔藩镇发动了战争，这场战争从781年打到了783年，陷入了僵持状态。这时泾原的士兵突然发动叛变，拥立朱泚为主帅，占领了毫无防备的长安，唐德宗仓皇避难奉天。大批留在长安的文武官员投靠了朱泚，多亏正在作战的神策军及时返回关中，平定了朱泚叛乱，收复了长安。
经过这次叛乱，唐德宗对朝中临阵倒戈的文臣武将失去了信任，决定让那些在逃难时候一直陪在自己身边的宦官领导神策军。
唐德宗去世后，唐顺宗觉得宦官的权势太大，打算削弱宦官对神策军的控制权，没想到宦官居然利用神策军发动了政变，逼迫唐顺宗退位，拥立唐宪宗继位。唐宪宗能够坐上皇位，主要得益于宦官的拥戴，当然要不断提高宦官的权力，他直接将神武军和神威军并入神策军，让神策军在北衙禁军中一家独大，这一时期宦官的权势达到了顶峰。
所以即使是剧中缔造了“大中之治”的唐宣宗，也不敢得罪掌管神策军的宦官，而是保留了宦官的所有特权，以维持自己脆弱的皇权。于是我们便看到了剧中的宦官秦鸾，无论唐宣宗如何发怒，他也始终表现得有恃无恐，并且对朝中的重臣所杀便杀，他所倚仗的便是手中的这支神策军。
但实际上这一时期的神策军与当年维护皇权，平定叛乱的神策军已经是完全不同了，由于它享受的特权越来越多，腐败程度也越来越深，已经不再具备当时的战斗能力，后来在黄巢起义的时候，神策军完全不堪一击，由他们守卫的长安也迅速的沦陷。
到了公元902年，宣武节度使朱全忠，逼昭宗杀死大宦官韩全诲等20余人，将神策左右军的兵士并入左右羽林、龙武、神武等六军，至此神策军才彻底的退出了历史的舞台。
